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美國國防部已開始對駐日美軍進行歷史性升級，將其升為聯合部隊總部以擴大作戰責任並增強嚇阻，確保印太區域的自由開放。
2025 年 3 月底，美國防長皮特・赫格塞斯（Pete Hegseth）在東京會見日本防衛大臣中谷元（Gen Nakatani）後表示，此次升級「將提高我們與最近啟動的日本統合作戰司令部（Joint Operations Command）協調行動的能力」。
透過將美國空中、陸地、海上、太空和網路部隊整合至位於日本的單一總部管轄之下，這兩個長期盟友可以更妥善預測和應對印太區域中的複雜威脅，包括：中國共產黨對自治臺灣的欺凌；北京當局針對日本所轄的東海尖閣諸島（Senkaku Islands，即釣魚臺列嶼）的非法主權主張；以及北韓的彈道飛彈和核武計畫，此兩項均違反聯合國安理會的決議。
日美兩國司令部將深化操作互通性與合作，加強情報協調、監視、偵察與網路安全。
赫格塞斯表示，美國作戰人員「時刻與日本自衛隊的同行並肩作戰」。 「我們的部隊在全領域共同行動和訓練，以維持嚇阻。 面對中國共產黨的侵略和脅迫行為，美國和日本堅決團結。
他說：「日本將在前線面對我們可能在西太平洋面臨的任何突發事件，我們將團結一致、相互支持。」
中谷表示，兩軍將「跨域多個領域，從和平時期到緊急時刻，進一步開展有效的雙邊聯合活動」，其中擴大在日本西南地區的軍事存在為優先考慮事項之一。
他說，日本也將推動與澳洲、菲律賓和南韓等區域夥伴的多邊合作，「以防止任何以武力改變現狀的企圖⋯⋯並實現自由開放的印太區域」。
新的聯合部隊總部將向位於夏威夷的美國印太司令部匯報，負責規畫和領導駐日美軍在和平時期和潛在危機期間的行動。 日美軍隊仍將接受各自國家的指揮，而不是像朝鮮半島的南韓和美國部隊一樣納入統一司令部之下。
赫格塞斯表示將向駐日美軍總部增派人員，該總部將改組為「作戰總部」。
駐日美軍成立於 1957 年，負責管理美國與日本的同盟關係以及駐軍地位協定，包括根據 1960 年《美日安保條約》（Treaty of Mutual Cooperation and Security）駐紮在日本的約 6 萬名空軍、陸軍、海軍陸戰隊、海軍和太空部隊人員。
